雲林縣食品工廠與屠宰水產加工環保實務：廢水、廢棄物與空污三線

作者 Bo Wei・偉騰開發興業有限公司・發布 2026-09-14・更新 2026-09-14（由前臺東縣環境保護局局長謝清泉主持）

雲林縣的食品製造、屠宰與水產加工廠要同時面對水質保護科、資源循環科與空氣噪音管理科三條線。本文整理環境保護局承辦分工與線上系統、斗六與沿海鄉鎮水污列管結構、假日稽查與檢舉獎勵加碼、廢清書與下腳料追蹤系統及許可先後順序。

無論廠址在斗六工業區還是二崙、崙背一帶的鄉間，雲林縣食品製造、屠宰與水產加工業者只要排廢水、出下腳料、燒鍋爐，就同時踩進《水污染防治法》、《廢棄物清理法》與《空氣污染防制法》三條線；承辦的都是雲林縣環境保護局，卻分屬水質保護科、資源循環科與空氣噪音管理科。

本篇只寫雲林，不重複全國性門檻與限值：環境保護局各科分工與線上入口、依環境部環保許可管理資訊系統列管資料呈現的斗六、虎尾與沿海鄉鎮水污結構、假日稽查與暗管查核、非法棄置查緝與檢舉獎勵加碼、沒有自有焚化廠的處置現實，以及搭排、工廠登記與廢清書效力的先後關係。

偉騰開發興業的團隊由前臺東縣環境保護局局長帶隊，熟悉縣級環境保護局從收件、審查到稽查的內部節奏，能替雲林業者把三線許可排成一份投產前的時程表；本文先把在地事實講清楚，讀完再帶著廠區資料來，初判會快很多。

雲林縣環境保護局三線分科：水質保護科、資源循環科與空氣噪音管理科

雲林縣食品工廠、屠宰場與水產加工廠的環保申辦，都集中在斗六市雲林路一段的雲林縣環境保護局，但三條線分屬不同科室：廢水排放許可與放流水查核由水質保護科承辦；事業廢棄物清理計畫書、再利用登記與清除處理機構管理歸資源循環科；鍋爐與製程的固定污染源許可及噪音案件由空氣噪音管理科受理。

公害稽查與民眾陳情另由環境稽查科統籌，廠內若使用列管化學物質還會碰到環境化學管理科。雲林業者送件前先分清三線的承辦科，才不會把廢清書誤送水質保護科被退回重送。局本部總機可轉接各科；官網「申辦服務」頁可依科室篩選申辦須知、流程圖、空白表單與填寫範例，是雲林業者核對文件版本的第一站。

食品廠、屠宰場與水產加工廠在雲林的落點：斗六、虎尾與沿海鄉鎮的水污列管結構

依環境部環保許可管理資訊系統列管資料，雲林縣斗六市列管事業 2,714 家（水污管制 904 家）、虎尾鎮 1,586 家（水污管制 630 家）、麥寮鄉 1,444 家（水污管制 633 家）居前三；斗六工業區、雲林科技工業區大北勢區與斗六擴大工業用地合計超過六百家列管事業，是縣內最密集的產業園區群。

二崙鄉、崙背鄉、土庫鎮、水林鄉、四湖鄉與口湖鄉的列管事業中水污管制家數都佔多數，呼應環境保護局的畜牧場專案稽查；近三年裁處中土庫鎮 114 件有 64 件是《水污染防治法》案件，麥寮鄉 100 件中 55 件也屬水污案件。

在雲林設屠宰場或水產宰殺線的業者要知道，放流水與暗管是這些鄉鎮的稽查主軸，選址先看排水去向。

廢水線在雲林怎麼送：環境保護許可管理資訊系統、水質保護科表單與農田水利署搭排

雲林食品廠與屠宰場的廢水線，第一步以設計或實際最大日廢水產生量對照門檻：保護區內每日十立方公尺、區外二十立方公尺以上即為《水污染防治法》事業，以放流口位置認定內外。雲林的保護區範圍環境保護局官網沒有整理頁，須到環境部飲用水水源水質保護區地理資訊網套疊廠址。

排放許可文件與水污染防治措施計畫走環境部環境保護許可管理資訊系統線上送件，環境保護局「線上申辦」水類頁面掛了該系統與水污染防治費申報系統等入口，水質保護科只維護一項「水污染類表單下載」。

廢水若要排入濁幹線或斗六大圳的灌溉渠道，須先向農業部農田水利署雲林管理處申請搭排，取得同意後承受水體才寫得進申請書。試車時環境保護局核對累計型水量計、採樣平台與告示牌，檢測水量須達核准量六成。

廢棄物線：屠宰下腳料、廢食用油與廢清書在雲林資源循環科的走法

雲林屠宰場只要向目的事業主管機關登記，就屬應檢具事業廢棄物清理計畫書的事業，不看規模；食品製造業要產生廢食用油且資本總額達新臺幣 250 萬元以上才須提，日廢水量達 100 立方公尺以上須辦排放許可證者也納入。

廢清書與再利用登記由資源循環科承辦，官網「線上申辦」廢棄物頁掛環境部事業廢棄物申報系統等入口。下腳料分流要對上申報：屠宰下腳料、羽毛與果菜殘渣走農業部再利用辦法附表，食品加工污泥與動植物性廢渣走經濟部附表，廚餘與廢食用油走共通性附表。

兩件在地現實：

• 雲林沒有自有運轉的焚化廠，最終處置去向須在廢清書寫明；
• 環境保護局曾破獲北部車隊把未分類廢棄物運到縣內過半鄉鎮傾倒，查緝加碼，下腳料無再利用登記就給養豬戶，責任回到原產生者。

空污線：鍋爐、油炸與屠宰製程在雲林的固定污染源許可與異味稽查

空污線卡兩處：鍋爐達每小時二公噸蒸氣量或一百五十三萬仟卡熱值以上，或油炸、屠宰、水產加工製程達固定污染源公告條件，就要向環境保護局空氣噪音管理科申請設置及操作許可。「線上申辦」空氣頁沒有固定污染源許可入口，表單到申辦服務區空氣噪音管理科項下抓。

雲林縣早年禁用生煤與石油焦的自治條例已非現行有效法規，燒生煤依《空氣污染防制法》第24條與第28條辦許可，但麥寮發電廠正推動煤轉氣，新廠選天然氣或電熱鍋爐較不會卡關。

異味是熱點：斗六工業區曾因異味陳情被三線聯合專案深度查核；依環境部環保許可管理資訊系統列管資料，斗六市近三年裁處 206 件中 82 件、西螺鎮 106 件中 73 件是《空氣污染防制法》案件，屠宰與醱酵的臭味防制在兩地不能省。

稽查、陳情與補正：雲林假日稽查、暗管查核與檢舉獎勵加碼下的應對

雲林稽查有兩個特色：水質保護科把「假日期間是否維持正常操作」與處理設施運轉、放流水水質、有無繞流或私設暗管並列為專案稽查四面向，且持續假日出勤，週末趕工卻停開處理設施最容易被抓。環境稽查科在 115 年 7 月至 9 月針對《廢棄物清理法》案件加重裁罰，檢舉獎勵金比例最多提升到實收罰鍰的五成，並擴大人工智慧監視器與無人機巡航，水污案件另有檢舉獎勵辦法。

陳情走環境部環境管理署公害污染陳情網路受理系統、公害陳情應用程式或環保報案專線，收案後多由環境稽查科會同業務科到場。收到限期改善或補正通知，先分清是門檻判定、放流水限值套錯還是文件缺漏，逐項回覆並附檢測數據；對裁處不服，先提出陳述意見，仍不服再提起訴願，時限以處分書記載為準。

先後順序與在地事實對業者的意義：搭排、工廠登記、廢清書效力與追蹤系統

在雲林設廠的順序：先確認廠址是否在保護區、是否須向農田水利署雲林管理處搭排，再向水質保護科送排放許可文件，廢清書與固定污染源許可平行送資源循環科與空氣噪音管理科；工廠登記與食品業者登錄要和環保許可對表，因為 114 年起設立許可文件一旦撤銷、廢止或註銷，廢清書自動失效。

自 115 年 1 月 1 日起載運動物性廢渣與廚餘的清運機具也須裝即時追蹤系統，簽約前確認對方車輛已裝機。

收攏成判斷：

• 斗六、虎尾列管密度與裁處件數最高；
• 二崙、崙背、土庫與沿海鄉鎮以水污案件為主，放流水與暗管是查核主軸；
• 雲林沒有自有焚化廠，最終處置合約要先談妥；
• 假日稽查加檢舉獎勵加碼，處理設施必須全年運轉。

三線許可要在投產前一次排進時程，別等通路稽核或陳情後才補。

自我檢查清單

• 廠址套疊：用環境部飲用水水源水質保護區地理資訊網確認雲林廠址與放流口是否落在保護區，再算日廢水量門檻。
• 搭排先問：廢水要排入濁幹線或斗六大圳灌溉渠道者，先向農田水利署雲林管理處提出搭排申請。
• 分科送件：排放許可文件送水質保護科、廢清書送資源循環科、鍋爐與製程許可送空氣噪音管理科，表單版本以環境保護局申辦服務頁為準。
• 廢清書門檻：屠宰場完成登記即須提；食品製造業看廢食用油加資本總額 250 萬元；日廢水量 100 立方公尺以上者也納入。
• 下腳料合約：確認清運或再利用業者具備登記，載運屠宰下腳料、動物性廢渣與廚餘的車輛自 115 年 1 月 1 日起須裝即時追蹤系統。
• 假日運轉：處理設施假日照常操作並留紀錄，雲林水質保護科的專案稽查把假日操作與暗管列為查核面向。
• 最終處置：雲林沒有自有焚化廠，廢清書內的最終處置去向與合約要在送件前談妥。

常見錯誤

• 把雲林廠的用水量當門檻——食品製造與屠宰業以最大日廢水產生量計，保護區外每日二十立方公尺即跨線，事後才辦許可會先被限期改善。
• 沒先取得農田水利署雲林管理處搭排同意就送排放許可——放流口與承受水體寫不進申請書，水質保護科會退件補正。
• 屠宰下腳料直接給養豬戶而無再利用登記——流向對不上申報，雲林非法棄置查緝加碼下原產生者先被裁處。
• 週末停開處理設施省電——雲林水質保護科假日出勤稽查，放流水超標與繞流管線同時成案。
• 工廠登記被註銷仍照常清運——114 年起設立許可文件撤銷、廢止或註銷時廢清書自動失效，聯單開不出去。
• 在斗六或西螺忽略異味防制——兩地近三年裁處以《空氣污染防制法》案件最多，屠宰與醱酵臭味最容易被陳情。

官方參考資料

• 雲林縣環境保護局 線上申辦（水）
• 雲林縣環境保護局 線上申辦（廢棄物）
• 農業部農田水利署雲林管理處 搭排申請

常見問題

雲林 食品工廠 排放許可 要 找 環保局 哪個 科

找雲林縣環境保護局水質保護科。

排放許可文件與水污染防治措施計畫透過環境部環境保護許可管理資訊系統線上送件，紙本表單以環境保護局申辦服務頁的「水污染類表單下載」為準；若廢水要排入濁幹線或斗六大圳的灌溉渠道，得先向農田水利署雲林管理處申請搭排，才能把承受水體寫進申請書。

雲林 屠宰場 下腳料 給 養豬戶 可以 嗎 要 廢清書 嗎

雲林屠宰場只要向目的事業主管機關登記就要提廢清書，不看規模，由環境保護局資源循環科審查。下腳料交給養豬場屬再利用，對方須具備再利用登記且流向要能對上申報；自 115 年 1 月 1 日起載運動物性廢渣的清運車輛也須裝即時追蹤系統。雲林正加碼查緝非法棄置，沒有登記就直接給人，責任回到屠宰場。

雲林 食品廠 被 環保局 開罰 不服 怎麼 辦

先看處分書載明的事實與條文，對照廠內檢測數據與運轉紀錄，在期限內向雲林縣環境保護局提出陳述意見並附證據；若處分維持，仍不服可依法提起訴願，期限以處分書記載為準。同時把限期改善事項逐項完成並留紀錄，雲林水質保護科會在假日複查，改善不到位會再次成案。

傳廠區資料做初判

雲林食品廠、屠宰場或水產加工線要辦排放許可、廢清書或鍋爐許可，先加 LINE 傳製程、日廢水量與廠址資料 留言，我們依雲林縣環境保護局各科的收件方式回覆書面初判，再排三線時程。

全台各縣市受理｜專業團隊承接辦理｜親臨現場指導｜統籌包辦到好

聯絡偉騰開發興業

服務總覽｜案例解析｜法規知識庫