苗栗環保許可申請實務：水污、空污、廢清書三證整隊

作者 Bo Wei・偉騰開發興業有限公司・發布 2026-09-03・更新 2026-09-03（由前臺東縣環境保護局局長謝清泉主持）

苗栗縣是細懸浮微粒與臭氧三級防制區，新設或變更固定污染源多一道模式模擬與最佳可行控制技術的門檻。本文整理苗栗環保局科室分工、EMS 線上申辦、兩座科學園區的納管環境與廢清書義務，讓三證送件順序一次到位。

工廠要落腳苗栗，環保這一關通常不是一張證，而是三張：水污染防治措施計畫與排放許可、固定污染源設置與操作許可、事業廢棄物清理計畫書。三張證各有法源、各有審查科室，卻共用同一個時間軸：都要在設立或變更之前送件核准，才能合法動工、排放與營運。

在地條件讓三張證難度不同。

環境部劃定的防制區裡，苗栗縣的細懸浮微粒與臭氧是三級、懸浮微粒是二級，新設或變更固定污染源達一定規模，依《空氣污染防制法》第6條要採最佳可行控制技術並做模式模擬；兩座科學園區各有污水處理廠與納管制度，園區內外的水污路徑不同。

偉騰開發興業由前臺東縣環保局長帶隊，替各縣市業者整隊三證送件時，最常見的問題不是文件，而是順序：廠房先蓋再補水污染防治措施計畫、先試車再送設置許可。本文把苗栗環保局的科室分工、EMS 線上申辦與在地事實攤開，讓你動工前就知道每一步該找誰、交什麼。

先分流：你的廠在苗栗要辦哪幾張證

1. 第一種判斷看排放路徑：只要事業會排放廢水到地面水體，就落入《水污染防治法》第13條與第14條，先送水污染防治措施計畫，再申請排放許可證或簡易排放許可文件；納入科學園區或工業區污水系統的，則走下水道納管而不是自行排放。
2. 第二種看空污：屬環境部指定公告應申請許可的固定污染源，依《空氣污染防制法》第24條先取得設置許可證，設置完成再取得操作許可證。
3. 第三種看廢棄物：被指定公告一定規模的事業，依《廢棄物清理法》第31條要先送事業廢棄物清理計畫書核准才能營運，並定期網路申報。

三張證常常同時落在一家廠，先把落點釐清，再排送件順序。

三級防制區與兩座科學園區：在地事實怎麼影響你

環境部 114 年 1 月 1 日生效的防制區劃定，把苗栗縣列為細懸浮微粒與臭氧三級、懸浮微粒二級。

這代表兩件事：

• 新增或變更達一定規模的固定污染源，依《空氣污染防制法》第6條應採最佳可行控制技術，並以模式模擬證明不超過容許增量限值；
• 依固定污染源裁罰準則，位於三級防制區屬加重事項，同樣違規在苗栗罰得更重。

營建面也受牽動，第二級營建工程位於細懸浮微粒三級防制區者，圍籬要拉到 2.4 公尺。竹南科學園區設有三級污水處理廠、全區納管、專管放流；銅鑼科學園區污水處理廠民國 103 年啟用，處理容量每日一萬兩千噸。進園區走納管、園區外自行排放，申請路徑完全不同。

程序怎麼走：誰送、交什麼、到哪個科

苗栗縣政府環境保護局依 115 年 2 月 1 日施行的組織規程分科：水污染防治措施計畫與排放許可歸水質保護科，固定污染源設置與操作許可歸空氣品質及噪音管制科，事業廢棄物清理計畫書歸廢棄物管理科。

送件一律透過環境部環境保護許可管理資訊系統（EMS），以工商憑證或自然人憑證登入、電子簽章提送，審查費與證書費可線上繳納。

水污部分，事業設立或變更前先送水污染防治措施計畫，核准後再申請排放許可證或簡易排放許可文件；空污部分，防制計畫與證明文件依《空氣污染防制法》第26條須經環境工程技師或相關專業技師簽證；廢清書則要在營運前取得核准，之後依規定頻率網路申報。

審查端在看什麼：時程、補正與試車

以固定污染源許可為例，依許可證管理辦法，環保局收件後 7 日內完成形式審查，繳費翌日起 35 日內完成實質審查，必要時延長 15 日；申請資料會先公開 7 日供民眾表達意見，之後才進入實質審查。補正總次數以 3 次為限，內容不合的補正期不得超過 90 日。

核准試車期限不得超過 100 日，屆滿前 15 日內要提檢測報告才能換操作許可證。審查人員實際在看三件事：設備清單對得上防制設施處理容量、三級防制區下的模式模擬與最佳可行控制技術說明、三份文件的產能與原物料數字是否一致。三份文件數字對不上，是實務上最常被要求補正的地方。

沒證先動的代價：停工、重罰與工廠登記互卡

三張證的罰則都很重。

未取得排放許可就排放廢水，依《水污染防治法》第45條處新臺幣 6 萬元以上 600 萬元以下罰鍰，並應令停工或停業；未取得許可證逕行設置或操作固定污染源，依《空氣污染防制法》第63條，工商廠場處 10 萬元以上 2,000 萬元以下罰鍰並令停工；一般事業廢棄物清理違規，依《廢棄物清理法》第52條處 6 千元以上 300 萬元以下罰鍰並按次處罰。

裁罰之外還有連動：苗栗環保局把工廠登記環保審核放在綜合計畫科，環保文件卡住，工廠登記跟著卡；委託清運不等於卸責，依《廢棄物清理法》第30條事業與受託人負連帶清理責任。

在地窗口與線上申辦：找對科、走對系統

苗栗縣政府環境保護局位於後龍鎮高鐵一路95號，總機 037-558558；公害陳情可撥 0800-066-666 或總機轉 8。

科室對應：

• 水質保護科管水污、土壤地下水與飲用水；
• 空氣品質及噪音管制科管空污與噪音；
• 廢棄物管理科管廢清書與清除處理機構；
• 綜合計畫科統籌公害陳情、環境影響評估與工廠登記環保審核。

線上申辦走環境部環境保護許可管理資訊系統（EMS），諮詢電話 0800-059777；季排放量申報與廢棄物網路申報各有專屬系統，都與 EMS 串接。排入灌溉渠道的業者，另要向農業部農田水利署苗栗管理處辦搭排申請與灌排界定。

自我檢查清單

• 確認廠址在科學園區、工業區內還是園區外：決定水污走納管還是自行排放許可。
• 對照環境部指定公告，判斷製程是否屬應申請設置與操作許可的固定污染源。
• 動工前先送水污染防治措施計畫與空污設置許可，別等廠房蓋好再補。
• 三級防制區案件預留模式模擬與最佳可行控制技術說明的作業時間。
• 水污、空污、廢清書三份文件的產能、原物料、廢棄物產出量互相勾稽一致。
• 排放許可證與操作許可證效期各 5 年，把展延窗口（水污期滿前 6 個月至 1 個月、空污屆滿前 3 至 6 個月）寫進行事曆。
• 準備好工商憑證或自然人憑證，EMS 送件前確認負責人資料與工廠登記一致。

常見錯誤

• 以為進了科學園區就不用管水污——園區內納管事業違反下水道法令仍排放，依《水污染防治法》第73條可能被認定情節重大，公開並停止優惠。
• 先蓋廠房、先裝設備再補設置許可——依《空氣污染防制法》第63條，工商廠場處 10 萬元以上 2,000 萬元以下罰鍰並令停工，還要限期補申請。
• 把苗栗當成二級防制區縣市照抄別廠文件——細懸浮微粒與臭氧三級，少了模式模擬與最佳可行控制技術說明會被要求補正甚至駁回。
• 錯過展延窗口——空污許可證屆滿前未申請展延即失效，須重新申請；水污排放許可過期照排就是無證排放。
• 廢棄物全丟給清運公司就不管——依《廢棄物清理法》第30條事業與受託人負連帶清理責任，受託人棄置時事業一起扛。
• 三份文件各找不同人寫、數字互不一致——審查端勾稽產能與原物料量，對不上就補正，補正次數上限 3 次。

官方參考資料

• 環境部環境保護許可管理資訊系統（EMS）
• 苗栗縣政府環境保護局組織規程（苗栗縣政府主管法規共用系統）
• 空氣污染防制法第6條（全國法規資料庫）

常見問題

苗栗 環保許可 要找哪個科？

苗栗縣政府環境保護局的分科很清楚：水污染防治措施計畫與排放許可找水質保護科，固定污染源設置與操作許可找空氣品質及噪音管制科，事業廢棄物清理計畫書找廢棄物管理科；工廠登記的環保審核與公害陳情則由綜合計畫科統籌。

送件不用跑窗口，一律透過環境部 EMS 線上提送，總機 037-558558 可轉接各科。

苗栗 三級防制區 新設工廠 要多做什麼？

環境部 114 年 1 月 1 日生效的劃定，苗栗縣細懸浮微粒與臭氧是三級防制區。新增或變更達一定規模的固定污染源，依《空氣污染防制法》第6條應採最佳可行控制技術，並用模式模擬證明不超過容許增量限值，這兩份資料要在設置許可申請時一併附上。裁罰準則把位於三級防制區列為加重事項，同樣違規在苗栗罰得更重。

苗栗 廢清書 誰要送？一般事業廢棄物能進縣焚化廠嗎？

依《廢棄物清理法》第31條，環境部指定公告一定規模的事業，要先把事業廢棄物清理計畫書送苗栗環保局廢棄物管理科核准才能營運，之後定期網路申報。苗栗縣把焚化廠收受一般事業廢棄物的費率寫進縣法規，代碼在清單內者每公噸新臺幣三千二百元或五千元，代碼不在清單內的就要另找合格清除處理機構。

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