新竹環保許可申請實務：水污、空污、廢清書三證整隊

作者 Bo Wei・偉騰開發興業有限公司・發布 2026-09-03・更新 2026-09-03（由前臺東縣環境保護局局長謝清泉主持）

新竹縣市的環保許可有三個窗口：新竹縣環保局、新竹市環保局與新竹科學園區管理局。水污、空污許可與廢清書的線上送件以環境部 EMS 為主，審查眼光卻受三級防制區、加嚴放流水標準與市自治條例左右。

新竹縣市設廠或擴產的結論只有一句：水污排放許可、空污設置與操作許可、事業廢棄物清理計畫書要一起排程，不是等工廠登記卡住才補。線上送件走環境部 EMS，收件審查的卻是新竹縣環保局、新竹市環保局或新竹科學園區管理局三個窗口，送錯就是重新排隊。

常見直覺是「新竹就是竹科，環保局管一切」。新竹縣與新竹市其實是兩個獨立環保機關，園區內廠商的許可窗口又是科學園區管理局環安組，環保局只管園區外。另一個直覺「有工廠登記就能排放」也錯，《水污染防治法》第14條明定未取得排放許可證或簡易排放許可文件不得排放。

本文先用分流表判斷你需要哪幾張證，再走 EMS 送件與審查時程，接著拆解審查人員在新竹三級防制區、加嚴放流水標準與市自治條例下會盯什麼，最後談裁罰、停工與救濟期限。本文由前臺東縣環保局長主筆，親自核過設置許可與廢清書，寫的是審查桌另一邊真正在意的細節。

分流第一步：水污、空污、廢清書的列管門檻

三證的列管門檻各有一套公告。

水污依事業分類及定義公告：

• 其他工業每日最大廢水產生量 20 立方公尺以上，或重金屬超標即屬事業；
• 達每日 100 立方公尺、含特定物質超標或納入工業區專用系統者，依《水污染防治法》第13條須於設立前送水污染防治措施計畫；
• 排放地面水體者再依《水污染防治法》第14條取得排放許可證（每日 100 立方公尺以上）或簡易排放許可文件。

空污看環境部指定公告的固定污染源，符合者依《空氣污染防制法》第24條先取設置許可證、再取操作許可證。廢棄物看指定公告一定規模的事業，依《廢棄物清理法》第31條核准事業廢棄物清理計畫書後始得營運。

在地窗口與 EMS 線上申辦：縣局、市局、園區三套入口

園區外三證都從環境部環境保護許可管理資訊系統（EMS）送件：憑證登入、電子簽章提送、線上繳審查費與證書費。收件審查的窗口卻分三套。新竹縣政府環境保護局分設空氣污染防制科、水污染防治科與事業廢棄物防治科，局網「申請專區」依固定源空污防治、水污染防治、事業廢棄物管理分類。

新竹市環境保護局科名不同勿混用，是空氣品質維護科、水質保護科與廢棄物處理科，局網「表單下載」依空氣及水質保護、廢棄物管理歸類。新竹科學園區內廠商則向科學園區管理局環安組環境保護科申辦，走管理局線上申辦入口；園區污水處理廠納管率 100%，廢水一律納入專用系統。

審查時程與補正上限：水污附表八與空污管理辦法

水污案依「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」附表八：程序審查自收件翌日起 10 日，實體審查 20 日，涉及試車、現勘或專家審查延為 50 日；補正日數不計入，但總補正日數不得超過 42 日，核准後 14 日內通知、14 日內繳費領證。

空污案依「固定污染源設置操作及燃料使用許可證管理辦法」：形式審查收件 7 日內，實質審查自繳費翌日起 35 日，必要時延長 15 日，模式模擬案 45 日；申請資料須公開 7 日後才進實質審查，補正總次數以 3 次為限。

廢清書依 114 年 7 月修正的「事業廢棄物清理計畫書審查管理辦法」由新竹縣市環保局或園區管理局審查。補正回覆速度決定總工期。

三級防制區對新設固定源的意義：最佳可行控制技術與模式模擬

環境部 113 年 12 月 31 日公告、114 年 1 月 1 日生效的各級防制區劃定表，新竹市的細懸浮微粒（PM2.5）與臭氧列三級防制區、懸浮微粒（PM10）二級；新竹縣臭氧列三級。依《空氣污染防制法》第6條，三級防制區內既存固定污染源應削減排放量，新增或變更達一定規模者應採最佳可行控制技術，並以模式模擬證明不超過容許增量限值。

這意味新竹市達規模門檻的新設鍋爐或揮發性有機物製程，設置許可階段就要備妥模擬報告與技術比較，審查時程也落入 45 日的模式模擬案。裁罰準則另把位於三級防制區列為加重事項，違規成本比二級縣市高。

主要水體與加嚴放流水標準：茄苳溪、客雅溪與新竹市排放管理自治條例

新竹縣市的主要河川是頭前溪、鳳山溪與客雅溪，三條都兼作農田水利署新竹管理處的灌溉水源，放流水質直接牽動下游灌區；竹科污水處理廠亦以專管放流至客雅溪。依《水污染防治法》第7條地方得加嚴放流水標準：新竹縣訂有「新竹縣茄苳溪加嚴放流水標準」，新竹市則對客雅溪、三姓溪及其支流另訂加嚴放流水標準，處理設施設計值要對準加嚴值而非通用值。

新竹市另有 2019 年「喝好水公投」催生的「新竹市廢水及污水排放管理自治條例」，114 年 8 月公告、115 年 6 月修正，管制執行區域內事業違反排放規定處新臺幣 3 萬元以上 10 萬元以下罰鍰並限期改善，是水污法之外的第二道管制。

廢清書義務對象、清除機構許可與新竹市非法棄置巡防

廢清書的義務對象是《廢棄物清理法》第31條指定公告一定規模的事業，須先經主管機關核准事業廢棄物清理計畫書才能營運，並依規定格式與頻率網路申報產出、貯存、清除、處理與再利用情形。

委託清除只能交給依《廢棄物清理法》第41條取得許可的公民營清除處理機構，《廢棄物清理法》第30條明定委託事業與受託人負連帶清理責任，115 年 5 月環境部函釋更要求清除機構以自有車輛清運。

新竹市環保局廢棄物處理科把「非法棄置巡防」列為常設業務，包括 GPS 管制、清運車輛與剩餘土石方車輛攔檢、非法棄置場址管制；新竹縣則由事業廢棄物防治科專責事業端。選錯清運商的風險，會在攔檢現場與申報比對時直接浮現。

三證缺一的代價：停工命令、跨程序連動與訴願期限

三證缺一張，代價都不是補件而已。

依《水污染防治法》第45條，未取得排放許可即排放處新臺幣 6 萬元以上 600 萬元以下罰鍰，主管機關並應令全部停工或停業；依《空氣污染防制法》第63條，工商廠場未取得許可證逕行設置、變更或操作處 10 萬元以上 2,000 萬元以下罰鍰並令停工；依《廢棄物清理法》第52條，一般事業廢棄物違規處 6 千元以上 300 萬元以下罰鍰按次處罰。

停工命令會連動工廠登記、建照使照與消防檢查時程，三證未齊就開機，等於把投產時間表交給裁處書。收到裁處或限期改善通知，先在期限內以書面陳述意見補充事實與資料；不服處分，得於處分書送達之次日起 30 日內提起訴願。

自我檢查清單

• 確認廠址在新竹科學園區內還是園區外：園區內三證送科學園區管理局環安組，園區外依縣市分送新竹縣環保局或新竹市環保局。
• 用每日最大廢水產生量對照事業分類及定義公告與 100 立方公尺門檻，判定要先送水污染防治措施計畫還是直接申請簡易排放許可文件。
• 比對環境部歷次公告應申請許可的固定污染源清單，確認製程設備是否須取設置許可證，並預留三級防制區模式模擬的時間。
• 查核放流口所在水體是否落在茄苳溪、客雅溪或三姓溪的加嚴放流水標準範圍，處理設施以加嚴值設計。
• 送件前先在 EMS 完成統一管制編號整併，確保水污、空污、廢清書三證同一管編。
• 委託清除前到環境部清除處理機構服務管理資訊系統核對機構許可與自有車輛，避開新竹市非法棄置巡防攔檢的風險。
• 把 5 年效期與展延窗口寫進行事曆：水污自期滿 6 個月前起算 5 個月內、空污屆滿前 3 至 6 個月內申請展延。

常見錯誤

• 把新竹縣與新竹市當同一個環保局，公文寄錯科室——新竹市是空氣品質維護科、水質保護科，新竹縣是空氣污染防制科、水污染防治科，退件重送耗掉數週。
• 先拿工廠登記再補環保許可——《水污染防治法》第45條未取得排放許可即排放處 6 萬元以上 600 萬元以下罰鍰並應令停工，投產時程全數推翻。
• 三級防制區新設固定源只送一般防制計畫，未附模式模擬——設置許可審查退回補正，補正總次數以 3 次為限，超過就重新送件。
• 放流水依全國通用值設計——新竹縣茄苳溪、新竹市客雅溪與三姓溪流域另有加嚴放流水標準，試車檢測不合格就拿不到許可。
• 廢清書核准前就試營運，或交給靠行車輛清運——《廢棄物清理法》第31條未核准不得營運，《廢棄物清理法》第30條又規定委託事業負連帶清理責任。
• 收到裁處書只忙著繳罰鍰——錯過處分書送達之次日起 30 日的訴願期限，連陳述意見補充事實的機會也一併放掉。

官方參考資料

• 環境部環境保護許可管理資訊系統（EMS）
• 新竹縣政府環境保護局申請專區（事業端）
• 新竹市環境保護局表單下載

常見問題

新竹 水污許可 要多久

依水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法附表八，程序審查收件翌日起 10 日、實體審查 20 日，涉及試車、現勘或專家審查延為 50 日；補正日數不計入，總補正不得超過 42 日。核准後 14 日內通知、14 日內繳費領證，加上試車最長 90 日得展延一次，從送件到正式排放通常要以季為單位規劃。

竹科廠商 環保許可 找環保局還是管理局

新竹科學園區內廠商的固定空氣污染源許可、水污染防治措施與事業廢棄物清理計畫書，都向科學園區管理局環安組環境保護科申辦，走管理局線上申辦入口；園區污水處理廠納管率 100%，廢水須符合園區可容納排入水質標準。

園區外廠商才回到新竹縣政府環境保護局或新竹市環境保護局，兩局科室名稱不同，送件前先確認。

新竹市 三級防制區 新設工廠 要抵換嗎

新竹市細懸浮微粒（PM2.5）與臭氧屬三級防制區，依《空氣污染防制法》第6條，新增或變更達一定規模的固定污染源應採最佳可行控制技術，並以模式模擬證明不超過容許增量限值；法定抵換比例只適用高屏總量管制區與環評開發行為，新竹市非環評案件沒有法定抵換比例，但模式模擬報告是設置許可必要文件，審查時程也拉長為 45 日。

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